Als obere Bundesbehörde gehört das Bundesarchiv zum Geschäftsbereich der Kulturstaatsministerin im Bundeskanzleramt, Beauftragte der Bundesregierung für Kultur und Medien. Der Präsident des Bundesarchivs mit Sitz in Koblenz leitet das Bundesarchiv. Seit Mai 2011 ist Prof. Dr. Michael Hollmann Präsident des Bundesarchivs. Vizepräsidentin ist seit Januar 2015 Dr. Andrea Hänger.

Seit dem 17. Juni 2021, mit der Übernahme der Verantwortung für die Unterlagen des Ministeriums für Staatssicherheit der ehemaligen DDR, hat das Bundesarchiv drei Vizepräsidenten. Dr. Andrea Hänger ist bereits seit Januar 2015 Vizepräsidentin und Abwesenheitsvertretung des Präsidenten. Sie steht den schon vor 2021 bestehenden Fachabteilungen des Bundesarchivs vor. Björn Deicke verantwortet als Vizepräsident die zentralen Verwaltungsabteilungen, Alexandra Titze als Vizepräsidentin die Abteilungen des Bereichs Stasi-Unterlagen-Archiv im Bundesarchiv.

Dr. Robin Mishra ist seit Mai 2022 Direktor Kommunikation.